脫敏療法的不良反應可以表現為局部和全身反應。局部反應為注射部位紅腫瘙癢，全身反應一般有乏力、關節酸痛、皮膚出現蕁麻疹，有時可誘發過敏性鼻炎。嚴重全身不良反應表現為支氣管痙攣（哮喘發作）和過敏性休克，偶爾導致死亡。過敏性休克的發生多在注射後5分鐘，但也可延遲到30分鐘以後。據國外1946年到1987年的統計，因皮膚試驗和脫敏而致死患者近百名，約每年有1例患者死亡，但每年接受這項檢查和治療的患者約幾百萬，可見死亡率極低，而且有些是因注射過量等醫源性因素所造成。
對於季節性哮喘患者，可於哮喘發作季節前2～3個月開始脫敏治療，並在發作季節期間用維持劑量繼續脫敏。如果脫敏治療開始太晚，已臨近發作季節或哮喘已開始發作，這時常因哮喘發作或因注射過敏原後激發哮喘而被迫終止脫敏治療，由此可見，脫敏治療時機的掌握很有必要。
為了使脫敏療法安全和順利進行，必須注意下面幾點：①皮試和過敏原疫苗注射的實驗室應備有搶救設備，包括搶救過敏性休克用的藥品，如腎上腺素，靜脈用激素等，而且應有經驗豐富的醫務人員在場，最好配備心肺復甦設施；②每次注射後應至少觀察30分鐘；③為了準確掌握劑量，注射過敏原疫苗時宜使用1毫升的結核菌素注射器，每次進針後應回抽觀察有無回血，切忌將過敏原直接注入血管內；④過敏原疫苗試劑是一種生物製劑，應注意冷藏，有條件者，可置4～6℃冰箱內保存，但注意不要使其結冰，因反覆溶凍可降低效價；⑤注射日如果遇到患者發生中度哮喘發作，應暫停注射，待病情好轉後再繼續注射；⑥注射後如果發生局部反應或輕度全身不良反應則下一次劑量不應再增加或適當減少，或在注射前服用抗過敏藥和氨茶鹼等藥物；⑦因特殊原因使注射中斷4周以上者，再次注射時，劑量必須減少一半以上，以防全身反應，5歲以下患兒接受脫敏治療，全身過敏反應的發生可能明顯增多，應特別注意；⑧每次注射時應做好詳細記錄，以供下次注射時醫務人員參考，決定下一步脫敏治療方案。
應用哮喘脫敏療法時還應特別注意其禁忌證：
（1）絕對禁忌證：①合併其他嚴重免疫性疾病：如結締組織病和自身免疫性疾病；淋巴組織增生性疾病（如淋巴瘤）；②禁忌使用腎上腺素的各種疾病；③患者依從性差，不能與醫生良好配合。
（2）相對禁忌證：①5歲以下的嬰幼兒；②妊娠期婦女；③重度持續哮喘患者。
這裡還應該指出，過敏性疾病應該採用綜合治療方法，患者應首先脫離與過敏原的接觸，這對治療效果是個很關鍵的因素。而且在脫敏治療的同時，可繼續應用對症藥物，如平喘藥、抗組胺藥及激素類藥物等，但應儘可能避免使用口服或靜脈用糖皮質激素。
此外，如果哮喘全年發作，表明氣道過敏性炎症持續存在，脫敏療法不能使之恢復，這時宜選用吸入抗過敏性炎症藥物來替代脫敏療法。
對於季節性哮喘患者，可於哮喘發作季節前2～3個月開始脫敏治療，並在發作季節期間用維持劑量繼續脫敏。如果脫敏治療開始太晚，已臨近發作季節或哮喘已開始發作，這時常因哮喘發作或因注射過敏原後激發哮喘而被迫終止脫敏治療，由此可見，脫敏治療時機的掌握很有必要。
為了使脫敏療法安全和順利進行，必須注意下面幾點：①皮試和過敏原疫苗注射的實驗室應備有搶救設備，包括搶救過敏性休克用的藥品，如腎上腺素，靜脈用激素等，而且應有經驗豐富的醫務人員在場，最好配備心肺復甦設施；②每次注射後應至少觀察30分鐘；③為了準確掌握劑量，注射過敏原疫苗時宜使用1毫升的結核菌素注射器，每次進針後應回抽觀察有無回血，切忌將過敏原直接注入血管內；④過敏原疫苗試劑是一種生物製劑，應注意冷藏，有條件者，可置4～6℃冰箱內保存，但注意不要使其結冰，因反覆溶凍可降低效價；⑤注射日如果遇到患者發生中度哮喘發作，應暫停注射，待病情好轉後再繼續注射；⑥注射後如果發生局部反應或輕度全身不良反應則下一次劑量不應再增加或適當減少，或在注射前服用抗過敏藥和氨茶鹼等藥物；⑦因特殊原因使注射中斷4周以上者，再次注射時，劑量必須減少一半以上，以防全身反應，5歲以下患兒接受脫敏治療，全身過敏反應的發生可能明顯增多，應特別注意；⑧每次注射時應做好詳細記錄，以供下次注射時醫務人員參考，決定下一步脫敏治療方案。
應用哮喘脫敏療法時還應特別注意其禁忌證：
（1）絕對禁忌證：①合併其他嚴重免疫性疾病：如結締組織病和自身免疫性疾病；淋巴組織增生性疾病（如淋巴瘤）；②禁忌使用腎上腺素的各種疾病；③患者依從性差，不能與醫生良好配合。
（2）相對禁忌證：①5歲以下的嬰幼兒；②妊娠期婦女；③重度持續哮喘患者。
這裡還應該指出，過敏性疾病應該採用綜合治療方法，患者應首先脫離與過敏原的接觸，這對治療效果是個很關鍵的因素。而且在脫敏治療的同時，可繼續應用對症藥物，如平喘藥、抗組胺藥及激素類藥物等，但應儘可能避免使用口服或靜脈用糖皮質激素。
此外，如果哮喘全年發作，表明氣道過敏性炎症持續存在，脫敏療法不能使之恢復，這時宜選用吸入抗過敏性炎症藥物來替代脫敏療法。