小兒熱帶巨脾綜合徵治療以抗瘧藥物為主，如伴有脾功能亢進時需進行脾切除手術。
藥物治療。
1.氯喹敏感瘧疾的治療：兒童患者可使用總劑量為25mg/kg氯喹基質（氯喹每片0.25g，含基質0.15g，以下同），即第1、2天各服10mg/kg，每日1次，服用2天，第3天服用5mg/kg。不良反應有噁心、嘔吐、頭暈等。
2.耐氯喹惡性瘧的治療：兒童患者可服用青蒿素合劑。復方雙氫青蒿素片（科泰復），每片含雙氫青蒿素40mg及磷酸哌喹320mg
3.重症瘧疾的治療：在確診為重症瘧疾患者後，應立即進行抗瘧治療，常用的藥物為青蒿素製劑，必要時進行靜脈內注射。
手術治療。
如伴有脾功能亢進時需進行脾切除手術。
藥物治療。
1.氯喹敏感瘧疾的治療：兒童患者可使用總劑量為25mg/kg氯喹基質（氯喹每片0.25g，含基質0.15g，以下同），即第1、2天各服10mg/kg，每日1次，服用2天，第3天服用5mg/kg。不良反應有噁心、嘔吐、頭暈等。
2.耐氯喹惡性瘧的治療：兒童患者可服用青蒿素合劑。復方雙氫青蒿素片（科泰復），每片含雙氫青蒿素40mg及磷酸哌喹320mg
3.重症瘧疾的治療：在確診為重症瘧疾患者後，應立即進行抗瘧治療，常用的藥物為青蒿素製劑，必要時進行靜脈內注射。
手術治療。
如伴有脾功能亢進時需進行脾切除手術。