仙人掌莖的內部構造與其他雙子葉植物一致，在內方的木質部與外方的韌皮部之間有形成層。但莖的大部分由薄壁的貯藏細胞組成，細胞內含黏液性物質，可保護植株避免水分的流失。仙人掌的莖是主要的製造養分和貯藏養分的器官。