神舟十二號主要四項任務是，開展核心艙組合體的日常管理、開展兩次出艙活動及艙外作業、開展空間科學實驗和技術試驗、進行航天員自身的健康管理。
1、開展核心艙組合體的日常管理：包括天和核心艙在軌測試、再生生保系統驗證、機械臂測試與操作訓練，以及物資與廢棄物管理等。
2、開展兩次出艙活動及艙外作業：包括艙外服在軌轉移、組裝、測試，開展艙外工具箱的組裝、全景攝像機抬升和擴展泵組的安裝等工作。
3、開展空間科學實驗和技術試驗：進行空間應用任務實驗設備的組裝和測試，按程序開展空間應用、航天醫學領域等實（試）驗，以及有關科普教育活動。
4、進行航天員自身的健康管理：按計劃開展日常的生活照料、身體鍛鍊，定期監測、維持與評估自身健康狀態。