高、中風險區的居民，健康碼從國務院將該地區定為高、中風險區那天起，自動變成黃碼或紅碼。風險區降級後，健康碼的顏色也隨之改變。如果成為密接或者病歷，只要疫情信息依次通過信息系統報到賦碼公司平台，平台便將其綠碼轉為紅碼。
健康碼是以實際真實數據為基礎，由市民或者返工返崗人員通過自行網上申報，經後台審核後，即可生成屬於個人的二維碼。該二維碼作為個人在當地出入通行的一個電子憑證，實現一次申報，全市通用。健康碼的推出，旨在讓復工復產更加精準、科學、有序。2020年12月10日，國家衛健委、國家醫保局、國家中醫藥管理局聯合發布《關於深入推進「網際網路＋醫療健康」「五個一」服務行動的通知》，明確要求各地落實「健康碼」全國互認、一碼通行。