地面堆碼貯藏：選用沒有直射光、空氣流通，土質或紅磚地面的空屋作貯藏室。堆放時，保持南瓜挨著地面的方向向下，瓜蒂朝里瓜頂向外碼成圓錐形。保持室內空氣新鮮、乾燥和涼爽；冬季關閉門窗防寒。
架式分層貯藏：貯藏室內用竹木或角鐵搭成分層貯藏架，每層貯藏架上鋪5cm厚稻草或麥秸，將南瓜放置上架即可。
地窖低溫貯藏：地上鋪墊5cm厚的細沙或麥秸、稻草，堆放2∼3層瓜；也可搭架子將南瓜放在架子上。窖內溫度控制在10℃左右，相對濕度保持70%∼80%。貯藏前要注意選好南瓜，適期採收，不能遭受霜打，瓜蒂處保留5cm長的瓜梗，防止機械損傷。貯藏中要注意勤檢查，發現有病斑的瓜立即剔出以免感染好瓜。
浸蠟貯藏：除了把南瓜放在通風的地方，觀賞性的南瓜如果能夠放在液體蠟中浸一下，就可以保存一年左右基本沒有問題。