一方面，軍政法委從總政中獨立出來，組建為實體的副戰區級單位，成為了15個職能部門之一。
另一方面，軍事法院、軍事檢察院的設置方式、單位數量、管理模式、編制規格也都發生了巨大的變化。
首先，簡要介紹一下軍事法院、檢察院的發展歷史。
建國初期，我國組建了各級軍事法院、軍事檢察院，但之後陸續撤銷。
直到1978年，軍事法檢兩院開始重建，先組建了解放軍軍事法院、軍事檢察院和各大單位軍事法院、軍事檢察院。
1979年，再組建了兵團級單位和軍級單位的軍事法院、軍事檢察院，形成了「解放軍、大軍區級、兵團級、軍級」4級司法體系。
1982年，軍事法院、軍事檢察院改為3級，將兵團級和軍級的軍事法院、軍事檢察院合併為一個層級。
1996年，已升格為了正大軍區級的武警部隊也組建了相應的軍事法院、軍事檢察院。
1997年，設立了總直屬隊第二軍事法院、第二軍事檢察院。
2014年，二炮部隊也組建了相應的軍事法院、軍事檢察院。
綜上，此輪軍改前，軍事法院、軍事檢察院分為3個層級，以軍事法院為例，分別是：
1、解放軍軍事法院，為正軍級單位。
2、大軍區級軍事法院，共13所，包括「總直屬隊軍事法院、總直屬隊第二軍事法院、七大軍區軍事法院、海軍軍事法院、空軍軍事法院、二炮軍事法院、武警軍事法院」，為正師級單位。
3、基層軍事法院，數量眾多，包括「大單位直屬、海軍艦隊、軍區空軍、省軍區、駐港部隊」軍事法院，以及「武警、二炮」的基層軍事法院。
例如，有「濟南軍區直屬軍事法院、海軍南海艦隊軍事法院、蘭州軍區空軍軍事法院、南京軍區浙江軍事法院、成都軍區雲南軍事法院、駐港部隊軍事法院、武警成都軍事法院」等等，為正團級單位。
然後，介紹一下現在的軍事法院、軍事檢察院。
2016年6月，軍事法院、軍事檢察院進行了大幅調整，不再按照單位進行設置，改成按照區域進行設置。
以軍事法院為例，雖然保持3個層級不變，但數量大幅縮減：
1、高級軍事法院即「解放軍軍事法院」，仍是正軍級單位，院長為正軍職少將、一級大法官，副院長為副軍職少將、二級大法官。
2、中級軍事法院裁併至7個，冠以「戰區」的前綴，分別是「總直屬軍事法院、東部戰區軍事法院、南部戰區軍事法院、西部戰區第一軍事法院、西部戰區第二軍事法院、北部戰區軍事法院、中部戰區軍事法院」，仍是正師級單位，院長為正師職大校。
3、基層軍事法院裁併至26個，不再冠以「省份」的前綴，改成冠以「城市」的前綴，如「蘭州軍事法院、濟南軍事法院」等等，已升格為副師級單位，院長為副師職大校。
具體的對應關係如下：
1、總直屬軍事法院，對應「直屬軍事法院」1個基層軍事法院。
2、東部戰區軍事法院，對應「上海、南京、杭州、合肥、福州」軍事法院。
3、南部戰區軍事法院，對應「長沙、廣州、南寧、海口、昆明、駐港部隊」軍事法院。
註：駐港部隊軍事法院、軍事檢察院比較特殊，並未升格，仍是正團級單位。
4、西部戰區第一軍事法院，對應「成都、拉薩」軍事法院。
5、西部戰區第二軍事法院，對應「蘭州、西寧、烏魯木齊」軍事法院。
6、北部戰區軍事法院，對應「呼和浩特、瀋陽、哈爾濱、濟南」軍事法院。
7、中部戰區軍事法院，對應「北京、石家莊、鄭州、武漢、西安」軍事法院。
此外，軍事法院、軍事檢察院的管理模式也發生了巨大的變化。
原先，軍事法院、軍事檢察院接受雙重領導，以海軍軍事檢察院為例，其隸屬於「海軍政治部」，接受「海軍」和「解放軍軍事檢察院」的雙重領導，並以「海軍」領導為主。
現在，軍事法院、軍事檢察院不再按照行政隸屬關係設置，改由軍政法委垂直領導管理，能夠依法開展工作、減少干擾。
並且，解放軍軍事法院院長、解放軍軍事檢察院檢察長都會擔任軍政法委委員。