第一、職務和職級的區別
副巡視員是2019年6月前公務員非領導職務的一種，雖然與領導職務有區別，但同屬職務序列。非領導職務是在廳局級以下設置，共有六種，級別由低高到高分別為：副主任科員，主任科員，副調研員，調研員，副巡視員和巡視員。而二級巡視員是2019年6月後公務員新設立的一種職級，與職務不是同一序列。公務員的職級也是在廳局級以下設置，共有六等十二種，級別由低到高分別為：一級、二級科員，一至四級主任科員，一至四級調研員，一級、二級巡視員。
第二、晉升方式的區別
副巡視員可以由縣處級正職或調研員直接晉升。一般來說，晉升副巡視員職務，應當任縣處級正職領導職務或者調研員滿五年以上。而二級巡視員是不能直接由縣處級正職領導職務或二級調研員（可由調研員套改）直接晉升的，只能由一級調研員晉升。晉升二級巡視員，應當任一級調研員滿四年以上，而晉升一級調研員，應當任縣處級正職或二級調研員滿三年以上。這樣，要晉升二級巡視員，不僅要多晉升一次，而且年限也要七年以上，比原來晉升副巡視員年限更長。
第三、政治待遇和工作待遇的區別
副巡視員是一種非領導職務，但可以享受與廳局級副職領導職務基本一樣的政治待遇和工作待遇。例如，副巡視員可以享受廳局級副職一樣面積的獨立辦公室，可以參閱一定級別的密級文件、參加全省副廳級幹部會議、參與本廳大項事務決策等待遇，甚至可以分管幾個相對不太重要的內設部門。但二級巡視員，只享受廳局級副職一樣的政治待遇、工作待遇。比如辦公室，只能享受與縣處級正職一樣的面積，其他政治待遇和工作待遇也只能與處級一樣。
第四、管理權限的區別
副巡視員雖然是非領導職務，但也是職務，與廳局級副職一樣，同樣列入省委進行管理，由省委組織部負責日常管理，包括推薦、考察、任免、年度考核等。副巡視員是實實在在的「省管幹部」。二級巡視員卻完全不同。晉升二級巡視員，不改變原來的指揮關係，也不改變原來的管理權限。因此，二級巡視員的日常管理是由省廳或者市縣來管理的，屬於「廳管幹部」或「市管幹部」，不是「省管幹部」。這個區別還是非常大的，副巡視員進入省委領導和省委組織部的視線，有更多晉升或者轉任實職的機會。
第五、設置職數比例的區別
副巡視員的職數，一般是按照廳局級領導職務的一定比例來設置的。比如，一般市直單位的科級非領導職務的設置比例，是科級領導職務的一半。一般市直單位的處級非領導幹部的職數，是處級領導職務的1/3。副巡視員的設置比例，則會更少，一般是少於廳局級領導職務的1/5。二級巡視員的設置比例，依據單位的不同而不同。中央機關二級巡視員的設置比例，最高可以達到機關所有公務員的12%；省級機關二級巡視員的設置比例最高可以達到機關所有公務員的5%；市級機關二級巡視員的設置比例最高可以達到機關所有公務員的1%。總體來說，二級巡視員的設置比例要比原來的副巡視員設置比例要高，這也意味著二級巡視員更加容易得到晉升。
六、補充說明
因為副巡視員這個非領導職務，在2019年6月之後就已經不再使用，原副巡視員需要套改為二級巡視員。前面也進行了分析，副巡視員和二級巡視員是有很多區別的。因此，原副巡視員套改為二級巡視員之後，原來享受的政治待遇和工作待遇仍然予以保留。另外，有些原來擔任廳局級領導職務，但因換屆等原因而改任二級巡視員職級的，其政治待遇和工資待遇也予以保留。這部分副巡視員和二級巡視員基本沒有任何區別。副巡視員和二級巡視員的區別，主要體現在2019年6月之後，由一級調研員晉升的二級巡視員上。
綜上所述，由副巡視員套改而來的二級巡視員，與原副巡視員基本什麼區別。而由一級調研員晉升的二級巡視員與原副巡視員有很大區別，主要體現在序列、晉升方式、政治待遇和工作待遇、管理權限、設置比例等方面。