機構設置不同。
在實踐中，解決勞動爭議的勞動爭議仲裁委員會在各個縣、區一般都有設立。然而，解決商事糾紛的仲裁委員會只在直轄市、省會、設區的市設立，且各地仲裁委員會相互沒有隸屬關係。
《勞動爭議調解仲裁法》第十七條：「勞動爭議仲裁委員會按照統籌規劃、合理布局和適應實際需要的原則設立。省、自治區人民政府可以決定在市、縣設立；直轄市人民政府可以決定在區、縣設立。直轄市、設區的市也可以設立一個或者若干個勞動爭議仲裁委員會。勞動爭議仲裁委員會不按行政區劃層層設立。」。
《仲裁法》第十條：「仲裁委員會可以在直轄市和省、自治區人民政府所在地的市設立，也可以根據需要在其他設區的市設立，不按行政區劃層層設立。仲裁委員會由前款規定的市的人民政府組織有關部門和商會統一組建。」。
適用範圍不同。
勞動仲裁解決的是用人單位與勞動者發生的勞動爭議：
①因確認勞動關係發生的爭議。
②因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議。
③因除名、辭退和辭職、離職發生的爭議。
④因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓以及勞動保護髮生的爭議。
⑤因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或者賠償金等發生的爭議。
⑥法律、法規規定的其他勞動爭議。
而商事仲裁解決的是平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，即經濟類糾紛，但不包括與身份有關的糾紛、勞動爭議、農村集體經濟組織內部的農村承包合同糾紛以及行政爭議。
法律適用不同。
因受理的案件不同，勞動爭議仲裁委員會與仲裁委員會在解決糾紛時主要適用的法律規範亦不相同。勞動爭議仲裁委員會解決的是用人單位與勞動者之間的勞動爭議，主要適用《勞動法》《勞動合同法》《勞動合同法實施條例》等法律、法規及司法解釋；仲裁委員會解決的是平等主體之間的經濟糾紛，主要適用《民法總則》《合同法》等法律、法規及司法解釋。
管轄方式不同。
勞動仲裁是勞動爭議當事人向人民法院提起訴訟的必經程序，即勞動仲裁為前置程序；商事仲裁必須以有效的仲裁協議為前提，仲裁委員會才具有案件管轄權，並排斥人民法院的管轄。
《勞動爭議調解仲裁法》第五條：「發生勞動爭議，當事人不願協商、協商不成或者達成和解協議後不履行的，可以向調解組織申請調解；不願調解、調解不成或者達成調解協議後不履行的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁；對仲裁裁決不服的，除本法另有規定的外，可以向人民法院提起訴訟。」。
《仲裁法》第四條：「當事人採用仲裁方式解決糾紛，應當雙方自願，達成仲裁協議。沒有仲裁協議，一方申請仲裁的，仲裁委員會不予受理。」。
裁決效力不同。
勞動仲裁的裁決，除小額案件外，當事人對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提起訴訟；對於商事仲裁的裁決，實行一裁終局制度，自裁決書作出之日起發生法律效力，不可再向人民法院提起訴訟。
《勞動爭議調解仲裁法》第五十條：「當事人對本法第四十七條規定以外的其他勞動爭議案件的仲裁裁決不服的，可以自收到仲裁裁決書之日起十五日內向人民法院提起訴訟；期滿不起訴的，裁決書發生法律效力。」。
《仲裁法》第五十七條：「裁決書自作出之日起發生法律效力。」。
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在實踐中，解決勞動爭議的勞動爭議仲裁委員會在各個縣、區一般都有設立。然而，解決商事糾紛的仲裁委員會只在直轄市、省會、設區的市設立，且各地仲裁委員會相互沒有隸屬關係。
《勞動爭議調解仲裁法》第十七條：「勞動爭議仲裁委員會按照統籌規劃、合理布局和適應實際需要的原則設立。省、自治區人民政府可以決定在市、縣設立；直轄市人民政府可以決定在區、縣設立。直轄市、設區的市也可以設立一個或者若干個勞動爭議仲裁委員會。勞動爭議仲裁委員會不按行政區劃層層設立。」。
《仲裁法》第十條：「仲裁委員會可以在直轄市和省、自治區人民政府所在地的市設立，也可以根據需要在其他設區的市設立，不按行政區劃層層設立。仲裁委員會由前款規定的市的人民政府組織有關部門和商會統一組建。」。
適用範圍不同。
勞動仲裁解決的是用人單位與勞動者發生的勞動爭議：
①因確認勞動關係發生的爭議。
②因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議。
③因除名、辭退和辭職、離職發生的爭議。
④因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓以及勞動保護髮生的爭議。
⑤因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或者賠償金等發生的爭議。
⑥法律、法規規定的其他勞動爭議。
而商事仲裁解決的是平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，即經濟類糾紛，但不包括與身份有關的糾紛、勞動爭議、農村集體經濟組織內部的農村承包合同糾紛以及行政爭議。
法律適用不同。
因受理的案件不同，勞動爭議仲裁委員會與仲裁委員會在解決糾紛時主要適用的法律規範亦不相同。勞動爭議仲裁委員會解決的是用人單位與勞動者之間的勞動爭議，主要適用《勞動法》《勞動合同法》《勞動合同法實施條例》等法律、法規及司法解釋；仲裁委員會解決的是平等主體之間的經濟糾紛，主要適用《民法總則》《合同法》等法律、法規及司法解釋。
管轄方式不同。
勞動仲裁是勞動爭議當事人向人民法院提起訴訟的必經程序，即勞動仲裁為前置程序；商事仲裁必須以有效的仲裁協議為前提，仲裁委員會才具有案件管轄權，並排斥人民法院的管轄。
《勞動爭議調解仲裁法》第五條：「發生勞動爭議，當事人不願協商、協商不成或者達成和解協議後不履行的，可以向調解組織申請調解；不願調解、調解不成或者達成調解協議後不履行的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁；對仲裁裁決不服的，除本法另有規定的外，可以向人民法院提起訴訟。」。
《仲裁法》第四條：「當事人採用仲裁方式解決糾紛，應當雙方自願，達成仲裁協議。沒有仲裁協議，一方申請仲裁的，仲裁委員會不予受理。」。
裁決效力不同。
勞動仲裁的裁決，除小額案件外，當事人對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提起訴訟；對於商事仲裁的裁決，實行一裁終局制度，自裁決書作出之日起發生法律效力，不可再向人民法院提起訴訟。
《勞動爭議調解仲裁法》第五十條：「當事人對本法第四十七條規定以外的其他勞動爭議案件的仲裁裁決不服的，可以自收到仲裁裁決書之日起十五日內向人民法院提起訴訟；期滿不起訴的，裁決書發生法律效力。」。
《仲裁法》第五十七條：「裁決書自作出之日起發生法律效力。」。
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