常用的物理消毒方法是換氣消毒、紫外線消毒、煮沸消毒、電離輻射消毒、微波消毒、等離子體消毒、過濾消毒等。
1、換氣消毒：開窗通風換氣使空氣流通，讓室內空氣保持新鮮，從而完成消毒。
2、紫外線消毒：日光中的紫外線具有良好的天然殺菌作用，物品在日光下直接曝曬6小時，便可達到消毒的目的。曝曬時應注意翻動物品，使各個面都能直接受日光照射而起到消毒作用。
3、煮沸消毒：煮沸能使細菌的蛋白質凝固變性，消毒時間從水沸騰後開始計算，通常20分鐘便能殺滅一般病菌。
4、電離輻射消毒：是應用γ射線與高能量電子束照射消毒，可在常溫下對不耐熱物品滅菌，故又稱「冷滅菌」。對微生物有廣譜殺滅作用，不殘留有害化學物質。
5、微波消毒：通過照射微波產生熱量從而起到消毒作用。微波在吸收介質中通過時被介質吸收而產生熱，通常含水的物質對微波有明顯的吸收作用，升溫迅速，消毒效果好。