1、顏色區別：黃西瓜和紅西瓜最主要的區別就表現在它們的顏色上，雖然在沒有切開的時候它們表面都是綠色，但切開後會發現黃西瓜的瓜瓤黃色或淡黃色的，紅西瓜的瓜瓤則為紅色或淡紅色。
2、體積區別：通常情況下仔細觀察會發現紅西瓜的體積一般都比較大，重量也比較重，而黃西瓜是從台灣引來的新品種，體積一般比較小巧，重量較紅西瓜來說比較輕，因此黃西瓜和紅西瓜體積上有一定區別。
3、營養價值：黃西瓜和紅西瓜在營養價值上也有一定區別，黃西瓜的含糖量比較高，維生素含量含量較低，而紅西瓜的含糖量相對於黃西瓜較少，果酸和維生素含量卻比較高，兩者食用後都能為人體補充能量、消暑除煩、減輕疲勞，但所補充的營養卻是不一樣的。
4、口感區別：黃西瓜雖然看上去比較有吸引力，營養價值也很高，但畢竟黃西瓜是新引進的品種，體積比較少，含水量沒有紅西瓜多，其次，紅西瓜含有大量的番茄紅素，而番茄紅素會在一定程度上提升紅西瓜的口感，所以黃西瓜的口感比紅西瓜差一些。