南京的博物館有：南京博物院、侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館、南京市博物總館、南京中國科舉博物館、雨花台烈士紀念館、南京地質博物館、江寧區博物館、大報恩寺遺址博物館、明孝陵博物館、雲錦博物館、明城垣博物館、孫中山紀念館、求雨山文化名人紀念館、抗日航空烈士紀念館、江南絲綢文化博物館。
南京博物院
南京博物院位於南京市玄武區中山東路321號，是中國三大博物館之一，簡稱南院或南博，其前身是民國二十二年（1933年）蔡元培等倡建的國立中央博物院，是中國創建最早的博物館、中國第一座由國家投資興建的大型綜合類博物館。現為大型綜合性的國家級博物館、首批國家一級博物館、首批中央地方共建國家級博物館、國家aaaa級旅遊景區、全國重點文物保護單位和中國20世紀建築遺產。
（圖為南京博物院）。
侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館。
侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館位於南京市建鄴區水西門大街418號，通稱江東門紀念館，選址於南京大屠殺江東門集體屠殺遺址及遇難者叢葬地，是中國首批國家一級博物館，首批全國愛國主義教育示範基地，全國重點文物保護單位，首批國家級抗戰紀念設施、遺址名錄，也是國際公認的二戰期間三大慘案紀念館之一。
南京市博物總館
南京市博物總館是國家一級博物館，中國國家一級博物館中唯一一家實行總、分館制的博物館，總館成立於2014年，是融匯南京古代史、近現代史、革命史、城市史、考古、文保、民俗與非遺等諸多門類的綜合性歷史藝術類博物館。截至2015年底，南京市博物總館有館藏文物10萬餘件（套），其中一級文物395件（套）。
南京市博物總館下轄「七館一所」，包括南京市博物館（朝天宮）、太平天國歷史博物館（瞻園）、中國共產黨代表團梅園新村紀念館、南京市民俗博物館（甘熙宅第）、渡江勝利紀念館、江寧織造博物館、六朝博物館和南京市文化遺產保護研究所等八家市屬文博館所，本著整合歷史文化資源、為社會及其發展服務的理念，成為南京公共文化服務體系的重要組成部分。
南京中國科舉博物館。
中國科舉博物館位於南京市秦淮區夫子廟學宮東側，地處夫子廟秦淮風光帶核心區，是中國科舉制度中心、中國科舉文化中心和中國科舉文物收藏中心。已開放的部分場館包括博物館地下三層，地面上明遠樓、至公堂、號舍、碑刻及南苑的魁光閣等，含11個展廳，是中國唯一一家地下式博物館。
（圖為雨花台烈士紀念館）。
雨花台烈士紀念館。
雨花台烈士紀念館位於南京市雨花台區雨花台烈士陵園南端的任家山上，是一座既有傳統民族風格且具現代氣息的優美建築。紀念館於1984年4月破土興建，1987年1月5日通過驗收，1988年7月1日正式對外開放，是著名建築大師楊廷寶先生生前設計的最後一座建築。
南京地質博物館
南京地質博物館位於南京市玄武區珠江路，建於1935年，原名中央地質調查所地質礦產陳列館，是中國歷史最悠久的自然科學博物館之一，也是中國第一個以地質礦產為主要內容的專業博物館，其前身是1913年成立於的中央地質地質調查所礦產陳列室，是中國地質科學的發源地，也是培養中國地質工作者的搖籃。
江寧區博物館
江寧博物館是國家三級博物館，南京市成立最早的區級博物館，成立於1958年5月6日，座落在江寧城區東山鎮竹山公園秦淮河畔（江寧區竹山路88號）。江寧博物館由千秋江寧、風流東晉、裴家同書畫館及一個臨時展廳組成，館藏文物達3000餘件。
（圖為大報恩寺遺址博物館）。
大報恩寺遺址博物館。
大報恩寺遺址博物館位於南京城南中華門外古長干里，遺址得名於明代皇家寺院大報恩寺。該寺為明清時期中國佛教中心，為中世紀「世界七大奇蹟」之一，被當時西方人視為代表中國的標誌性建築。三國孫吳時期此地建有佛教精舍和阿育王塔，是繼洛陽白馬寺之後中國第二座寺廟；也是中國南方首座佛教寺院建初寺所在地，為江南佛教發祥地。遺址長干塔地宮先後發現並清理出明代大報恩寺大殿、觀音殿、法堂，以及始建於北宋大中祥符四年的長干寺真身塔地宮等重要遺蹟。
明孝陵博物館
明孝陵博物館位於江蘇省南京市玄武區鐘山風景名勝區內，是關於明太祖朱元璋、世界文化遺產明孝陵和南京明文化的專題展館，新館外觀採用了明清時期江南地區的建築風格，白牆、灰瓦、雕花木門、坡頂屋面、馬頭牆、花格窗等典型元素的運用，使得整體建築與周邊明孝陵遺存的大金門、四方城等文化遺址和草木蔥鬱的自然環境相協調，這也與600多年前明孝陵「天人合一」的建造理念不謀而合。
雲錦博物館
中國南京雲錦博物館位於江蘇省南京市建鄴區茶亭東街240號，是中國唯一的雲錦專業博物館、國家三級博物館，主要展示以南京雲錦為代表的中國民族織錦藝術，是「新金陵四十八景」之一。
中國南京雲錦博物館前身是創建於1984年的中國織錦工藝陳列館，是中國首家集知識、觀賞、娛樂為一體的織錦藝術博物館，由江蘇省南京雲錦工藝研究生產試驗中心主辦，目的是為促進中國傳統民族民間織錦的開發利用、技藝交流，接待國內外專業人士參觀訪問。
南京博物院
南京博物院位於南京市玄武區中山東路321號，是中國三大博物館之一，簡稱南院或南博，其前身是民國二十二年（1933年）蔡元培等倡建的國立中央博物院，是中國創建最早的博物館、中國第一座由國家投資興建的大型綜合類博物館。現為大型綜合性的國家級博物館、首批國家一級博物館、首批中央地方共建國家級博物館、國家aaaa級旅遊景區、全國重點文物保護單位和中國20世紀建築遺產。
（圖為南京博物院）。
侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館。
侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館位於南京市建鄴區水西門大街418號，通稱江東門紀念館，選址於南京大屠殺江東門集體屠殺遺址及遇難者叢葬地，是中國首批國家一級博物館，首批全國愛國主義教育示範基地，全國重點文物保護單位，首批國家級抗戰紀念設施、遺址名錄，也是國際公認的二戰期間三大慘案紀念館之一。
南京市博物總館
南京市博物總館是國家一級博物館，中國國家一級博物館中唯一一家實行總、分館制的博物館，總館成立於2014年，是融匯南京古代史、近現代史、革命史、城市史、考古、文保、民俗與非遺等諸多門類的綜合性歷史藝術類博物館。截至2015年底，南京市博物總館有館藏文物10萬餘件（套），其中一級文物395件（套）。
南京市博物總館下轄「七館一所」，包括南京市博物館（朝天宮）、太平天國歷史博物館（瞻園）、中國共產黨代表團梅園新村紀念館、南京市民俗博物館（甘熙宅第）、渡江勝利紀念館、江寧織造博物館、六朝博物館和南京市文化遺產保護研究所等八家市屬文博館所，本著整合歷史文化資源、為社會及其發展服務的理念，成為南京公共文化服務體系的重要組成部分。
南京中國科舉博物館。
中國科舉博物館位於南京市秦淮區夫子廟學宮東側，地處夫子廟秦淮風光帶核心區，是中國科舉制度中心、中國科舉文化中心和中國科舉文物收藏中心。已開放的部分場館包括博物館地下三層，地面上明遠樓、至公堂、號舍、碑刻及南苑的魁光閣等，含11個展廳，是中國唯一一家地下式博物館。
（圖為雨花台烈士紀念館）。
雨花台烈士紀念館。
雨花台烈士紀念館位於南京市雨花台區雨花台烈士陵園南端的任家山上，是一座既有傳統民族風格且具現代氣息的優美建築。紀念館於1984年4月破土興建，1987年1月5日通過驗收，1988年7月1日正式對外開放，是著名建築大師楊廷寶先生生前設計的最後一座建築。
南京地質博物館
南京地質博物館位於南京市玄武區珠江路，建於1935年，原名中央地質調查所地質礦產陳列館，是中國歷史最悠久的自然科學博物館之一，也是中國第一個以地質礦產為主要內容的專業博物館，其前身是1913年成立於的中央地質地質調查所礦產陳列室，是中國地質科學的發源地，也是培養中國地質工作者的搖籃。
江寧區博物館
江寧博物館是國家三級博物館，南京市成立最早的區級博物館，成立於1958年5月6日，座落在江寧城區東山鎮竹山公園秦淮河畔（江寧區竹山路88號）。江寧博物館由千秋江寧、風流東晉、裴家同書畫館及一個臨時展廳組成，館藏文物達3000餘件。
（圖為大報恩寺遺址博物館）。
大報恩寺遺址博物館。
大報恩寺遺址博物館位於南京城南中華門外古長干里，遺址得名於明代皇家寺院大報恩寺。該寺為明清時期中國佛教中心，為中世紀「世界七大奇蹟」之一，被當時西方人視為代表中國的標誌性建築。三國孫吳時期此地建有佛教精舍和阿育王塔，是繼洛陽白馬寺之後中國第二座寺廟；也是中國南方首座佛教寺院建初寺所在地，為江南佛教發祥地。遺址長干塔地宮先後發現並清理出明代大報恩寺大殿、觀音殿、法堂，以及始建於北宋大中祥符四年的長干寺真身塔地宮等重要遺蹟。
明孝陵博物館
明孝陵博物館位於江蘇省南京市玄武區鐘山風景名勝區內，是關於明太祖朱元璋、世界文化遺產明孝陵和南京明文化的專題展館，新館外觀採用了明清時期江南地區的建築風格，白牆、灰瓦、雕花木門、坡頂屋面、馬頭牆、花格窗等典型元素的運用，使得整體建築與周邊明孝陵遺存的大金門、四方城等文化遺址和草木蔥鬱的自然環境相協調，這也與600多年前明孝陵「天人合一」的建造理念不謀而合。
雲錦博物館
中國南京雲錦博物館位於江蘇省南京市建鄴區茶亭東街240號，是中國唯一的雲錦專業博物館、國家三級博物館，主要展示以南京雲錦為代表的中國民族織錦藝術，是「新金陵四十八景」之一。
中國南京雲錦博物館前身是創建於1984年的中國織錦工藝陳列館，是中國首家集知識、觀賞、娛樂為一體的織錦藝術博物館，由江蘇省南京雲錦工藝研究生產試驗中心主辦，目的是為促進中國傳統民族民間織錦的開發利用、技藝交流，接待國內外專業人士參觀訪問。