二者的區別在於酸鹼度不同。純凈水是不含有任何的有機體和無機體的弱酸性飲用水。弱鹼性水是經過後期的人工材料添加生產出來的含有礦物質和微量元素等有機營養物質的水，也不排除優質水源的直接生成。目前，在我國桶裝飲用水市場上，主要有純凈水、礦泉水、泉水和天然水、礦物質水等。
在營養學上，一般將食品分成酸性食品和鹼性食品兩大類，主要是依照食品中的營養素在身體中的代謝產物來區分。例如，肉類包含飽和脂肪酸，在人體內代謝後的產物呈酸性，所以把它歸為酸性食品。而檸檬雖然吃起來很酸，但是它的代謝產物為鹼性，所以把檸檬歸類為鹼性食品。
這與飲用水的ph值是不同的。人體幾乎是直接吸收水的，而不需要經過消化系統的"燃燒消化"過程。水和水中的礦物元素能被人體消化系統直接吸收成為體液的一部分。水對人體酸鹼平衡的維持有著重要的影響。