尼采本人顯然對《論道德的譜系》有著某種偏愛。他在精神崩潰前幾個月完成的自傳《看哪！這個人》中從就《論道德的譜系》作了如下概述：
這部譜系的三章在驚世的表達、立意和藝術方面都可以說是所有文字中最聳人聽聞的，在每一章的結尾都可以透過濃重的煙霧看到一個嶄新的事實。
第一章闡述的事實是基督教心理。基督教產生於怨恨精神，而不是人們通常相信那樣產生於「聖靈」，就其本質來說，基督教是一場反向運動，反對高貴价值統治的偉大起義。
第二章說明的事實是良心心理。良心並不是像人們所相信那樣是「人心中的上帝之音」，而是殘酷的本能，這種本能由於不能再向外釋放就轉向反對自身。
第三章所回答的問題是：禁欲主義理想、僧侶理想既然是有害理想之最，既然是一種終極意志，一種頹廢理想，那麼它的巨大威力來自何方？當然不是像人們所相信的那樣，來自上帝對僧侶的支持，而是由於缺乏更好的理想，是由於禁欲主義理想乃迄今唯一的理想，是由於它沒有對手，由於「人寧可追求虛無也不能無所追求」，——最主要的原因是缺少一種對立的理想。
由此可見，尼采本人是把《論道德的譜系》作為理解他的超人哲學的必由之路來看待的。
尼采直搗人性的底層，揭示道德觀念產生的自然、社會、生理甚至病理條件，發掘人們在不同時期，不同條件下創造不同的價值判斷的共同的原始動力。
貴族的「好」是一種原發的自我肯定，而「壞」是派送的，是貴族對非我的否定，是次要的。前提是體魄的健壯和行動的自由。
奴隸道德則以對非我的否定為原生的和主要的判斷，謂之「惡」，然後藉助於上帝力量延生出「善」的自我肯定。
尼采認為，這兩種自我肯定的原動力是同一種強力意志，但「善與惡」的價值判斷是在強力意志受到生理障礙情況下的產物，可惜由於人類生理知識的貧乏，人們只能在心理和道德領域裡尋找原因和治療方法，結果病的更重。
尼采對道德起源和人性的挖掘，為西方現代用生理學和病理學方法分析人的行為和心理拓開了道路，現代心理學家弗洛伊德就自稱從尼采的哲學中得到了啟迪。
尼采道德哲學的出發點是人的不平等，他說不能因為猛獸捕食羊羔而怪罪猛獸，因為那是強者的殘暴天性使然。他認為弱者也希望有朝一日成為強者，但是他厭惡弱者，使自己成為強者所使用的手段。
強力意志是處於強者地位的人行動過激，使處於弱者地位的人反應過激，而以往關於道德的價值判斷無非是對這些過激行為，特別是對過激反應的正名。
