1、生物性污染：包括微生物、寄生蟲、昆蟲及病毒的污染。食品的細菌污染細菌的污染包括細菌總數、大腸菌群、致病菌。
2、化學性污染：食品化學性污染涉及範圍較廣，主要包括來自生產、生活和環境中的污染物，如農藥、獸藥、多環芳烴化合物、亞硝基化合物、雜環胺、三氯丙醇污染等；濫用食品添加劑；在食品加工、貯存過程中產生的有害物質，如酒中有害醇、醛等；或是摻假、制假過程中加入的物質污染。
3、物理性污染：主要來源於複雜的多種非化學性的雜物，來自食品產、儲、運、銷的污染物，如糧食收割時混入的草籽、液體食品容器池中的雜物、食品運銷過程中的灰塵及蒼蠅等；食品的放射性污染，如放射性物質的開採、冶煉、生產、應用及意外事故造成的污染。