一般而言，如果巧克力囊腫的直徑超過２厘米，完全依靠藥物清除幾乎已屬不可能。藥物最多僅能控制囊腫不進一步發展，或稍微縮小囊腫或緩解症狀。因此，對於病灶直徑較大，藥物治療無明顯好轉者，應及時進行手術治療。
（１）開腹手術是經典的治療方法。視病人的年齡、病灶大小、生育情況而作保守性手術或根治性手術。保守性手術保留了子宮及正常的卵巢，為患者保留了生育功能，但同時也留下了復發的隱患。如果行囊腫剔除，手術中應該先以粗針或電動穿刺吸引，吸盡囊內液，或者反覆用生理鹽水沖洗，以防止囊內容物廣泛外溢污染盆腔而引起醫源性的擴散種植，待囊內液基本吸盡，囊壁縮小後再行剔除。
（２）腹腔鏡下手術目前應用日益廣泛，已越來越顯示出它比開腹手術更有價值。隨著腹腔鏡設備和器械的改進、操作人員技術的提高，將來腹腔鏡有可能完成現在開腹手術的各種操作，而且對患者的干擾小，術後恢復快。手術原則與開腹手術相同。為了使腹腔鏡手術便於操作，有時也在術前用一段時間的藥物（國外多推薦使用３個月的戈舍瑞林），使囊腫縮小，囊壁變薄、盆腔粘連減輕後再行手術。
（３）b超引導下穿刺並注射藥物隨著b超設備精度的提高，各種介入性治療的發展，近年來也開展了在b超引導下，經腹部或經陰道行巧克力囊腫穿刺術，抽出其中的囊液，並用生理鹽水反覆沖洗，然後注入無水酒精或其它腐蝕劑，使囊壁細胞生長活性喪失、變性、壞死，失去分泌功能。由於囊內壁細胞萎縮、脫落和吸收，囊腫可以縮小，反覆穿刺注藥，甚至可使囊腫完全消失。北京協和醫院採用了這種技術治療卵巢巧克力囊腫，效果良好。
在進行手術治療後，應該再用一段時間的藥物，以鞏固 療效。對有生育要求的患者，則先鼓勵其儘快懷孕。
（１）開腹手術是經典的治療方法。視病人的年齡、病灶大小、生育情況而作保守性手術或根治性手術。保守性手術保留了子宮及正常的卵巢，為患者保留了生育功能，但同時也留下了復發的隱患。如果行囊腫剔除，手術中應該先以粗針或電動穿刺吸引，吸盡囊內液，或者反覆用生理鹽水沖洗，以防止囊內容物廣泛外溢污染盆腔而引起醫源性的擴散種植，待囊內液基本吸盡，囊壁縮小後再行剔除。
（２）腹腔鏡下手術目前應用日益廣泛，已越來越顯示出它比開腹手術更有價值。隨著腹腔鏡設備和器械的改進、操作人員技術的提高，將來腹腔鏡有可能完成現在開腹手術的各種操作，而且對患者的干擾小，術後恢復快。手術原則與開腹手術相同。為了使腹腔鏡手術便於操作，有時也在術前用一段時間的藥物（國外多推薦使用３個月的戈舍瑞林），使囊腫縮小，囊壁變薄、盆腔粘連減輕後再行手術。
（３）b超引導下穿刺並注射藥物隨著b超設備精度的提高，各種介入性治療的發展，近年來也開展了在b超引導下，經腹部或經陰道行巧克力囊腫穿刺術，抽出其中的囊液，並用生理鹽水反覆沖洗，然後注入無水酒精或其它腐蝕劑，使囊壁細胞生長活性喪失、變性、壞死，失去分泌功能。由於囊內壁細胞萎縮、脫落和吸收，囊腫可以縮小，反覆穿刺注藥，甚至可使囊腫完全消失。北京協和醫院採用了這種技術治療卵巢巧克力囊腫，效果良好。
在進行手術治療後，應該再用一段時間的藥物，以鞏固 療效。對有生育要求的患者，則先鼓勵其儘快懷孕。