國家從上世紀90年代初期建立「兩基」督導檢查和評估驗收制度，各級職責分工是：省級人民政府教育督導部門對縣實現「兩基」進行督導檢查和評估驗收。省級驗收後，國家教育督導團對實現「兩基」縣材料進行審查，最後由教育部公布名單，確認該縣實現「兩基」。一個縣在實現「兩基」後，省級人民政府要在兩到三年內對其進行「兩基」複查，確認該縣「兩基」各主要指標不低於驗收時水平，如有問題，則要求整改，如整改不合格，第一年警告，第二年報請國家教育督導團撤銷其「兩基」縣稱號。
國家教育督導團對縣「兩基」工作不是普查，而是抽查。某省所轄縣全部實現「兩基」後，國家教育督導團對該省全面實現「兩基」進行督導檢查，即「國檢」。國檢時，要選擇不同代表性的縣進行抽查，通過抽查，對全省「兩基」總體水平進行評估。
國家教育督導團對縣「兩基」工作不是普查，而是抽查。某省所轄縣全部實現「兩基」後，國家教育督導團對該省全面實現「兩基」進行督導檢查，即「國檢」。國檢時，要選擇不同代表性的縣進行抽查，通過抽查，對全省「兩基」總體水平進行評估。