大蒜通常保存在油中以生產調味油；然而，這種做法需要採取措施防止大蒜變質，其中可能包括肉毒桿菌的酸敗和生長。用溫和的醋溶液進行酸化可以最大限度地減少細菌生長。冷藏並不能保證油中大蒜的安全性，需要在一個月內使用，以免細菌變質。大蒜也在低溫下乾燥，以保持酶活性並作為大蒜顆粒出售和保存，並且可以再水化以重新激活它。
儲存的大蒜會受到被稱為「藍霉」（在某些地方稱為「綠霉」）的青黴腐爛的影響，尤其是在高濕度下。感染可能首先表現為柔軟或浸水的斑點，隨後出現白色斑塊（菌絲體），隨著孢子形成而變成藍色或綠色。由於孢子形成和發芽在低溫和-4度時延遲。c被完全抑制，在冷藏丁香中，人們可能只在早期階段看到白色菌絲體。陸地青黴和青黴是藍黴菌中鑑定的兩種主要物種。
大蒜在保鮮庫貯藏參考指標：
貯藏溫度：-3~-2℃，相對濕度：70%~75%，貯藏壽命：8~10個月。
大蒜儲存方法：
1.低溫貯藏：貯藏前應將蒜頭晾乾，如果未晾乾，蒜頭會因濕度過高而導致腐爛。大蒜一般應貯藏在冷櫃溫度0.6—o°c，空氣相對濕度65%—70%，通風、乾燥、無煙火的菜窖或房子裡。此法可貯藏6—7個月。
2.高溫貯藏：大蒜經歷—個低溫休眠階段後，在5—18℃下會迅速發芽。將採收後的大蒜一直放在30—34℃高溫環境中貯藏，可保鮮一年以上。此外，在相對濕度40%—50%的條件下，也可抑制蒜頭的呼吸代謝，延遲發芽。低氧和高二氧化碳同樣可抑制蒜頭的呼吸和發芽。
留種大蒜宜採取高溫貯藏，以溫度為15℃左右、相對濕度不超過70%的條件為宜，這樣有利於提高種性。如果冬季能確保溫度穩定在-1— 3℃，在播前40天左右改為18-20℃高溫處理，也能收到同樣的保鮮效果。
3.串掛貯藏：採收時將大蒜植株連根拔起，剔除過大、過小、腐爛或機械損傷和雨淋受潮的蒜頭，再用刀沿鱗莖底盤將根須及夾帶的一部分莖盤削去，只留下10—15cm假莖，注意削平莖盤。經暴曬或人工乾燥後，將蒜頭假莖用鍍鋅鐵絲串起來，懸掛在房屋前後的屋檐下，或先將大蒜每8—10隻紮成——把，再一排排串掛在屋檐下的鐵絲或尼龍繩上自然風乾。夏秋季可懸掛在臨時涼棚、冷涼室內或通風貯藏庫內；冬季更好移入通風貯藏庫內，避免受潮受凍。