魚會積累毒素，例如汞、二惡英和多氯聯苯 (pcb)。此外，變質的魚油可能會產生過氧化物。
雖然一份魚可能含有十億分之 10 到 1,000 的汞，但魚油補充劑並未被發現含有相似的汞含量，因為它們通常是經過純化的。
研究表明，未純化的魚油補充劑含有不安全水平的環境污染物，但 80% 的魚油補充劑公司證實它們已達到美國最嚴格的污染物消除標準。
使用魚油補充劑時，最好的 omega-3 魚油含有蝦青素（一種強大的抗氧化劑，也有助於穩定魚油），首選是由野生太平洋鮭魚製成的魚油，它含有高水平的 dha /epa 和蝦青素。藻油產品或補充劑對於遵循素食或希望採用更可持續選擇的人來說也是不錯的選擇。
藻油是直接從藻類中提取的油。它含有 dha，占大腦中 97% 的 omega-3 脂肪。
不幸的是，沒有足夠多的美國人獲得足夠的這種必需脂肪酸來源。藻油是一種植物性海洋dha油，並非來自冷水魚。
隨著科學家和醫生意識到omega-3 脂肪酸對美國人的重要性，他們開始研究從魚類以外的來源獲取這些必需脂肪酸的其他方法。
冷水、多脂肪的魚，如鮭魚，也是這些健康脂肪的良好飲食來源，但除了鮭魚，沒有太多方法可以定期將這種營養物質納入飲食。海藻油提供 dha，因為它不是來自魚類，所以它是可持續的，可作為植物性素食選擇。
使用海藻油也沒有海洋污染物的風險。