《意見》提出，要準確把握法律政策界限，增強民營企業家信心和財富安全感。對民營企業在經營活動中違反國家規定，給予各種名義的「回扣」「好處費」，涉嫌行賄犯罪的，要從起因、目的、行賄數額、次數、時間、對象、謀利性質及用途等方面綜合考慮其社會危害性。要嚴格適用非法經營罪，對民營企業的經營行為，法律和司法解釋沒有作出明確禁止性規定的，不得以非法經營罪追究刑事責任，特別是要嚴格把握認定標準，堅決防止以未經批准登記代替違反國家規定的認定。要準確把握產權糾紛與惡意侵占國有資產犯罪的界限，對於民營企業依據法律、行政法規參與國有企業重組改制產生的民事糾紛，不應當以犯罪處理。
《意見》規定，對涉嫌犯罪的民營企業負責人，要嚴格審查是否符合法律規定的逮捕、起訴條件，嚴把事實關、證據關、程序關和法律適用關，防止「構罪即捕」「入罪即訴」。對有自首、立功表現，認罪態度好，沒有妨礙偵查行為的民營企業負責人，除法律另有規定外，一般不批准逮捕;對符合取保候審、監視居住條件，不羈押不致發生社會危險性的民營企業負責人，可以不批准逮捕。已經批准逮捕的，應當依法履行羈押必要性審查職責，對不需要繼續羈押的，應當及時建議公安機關予以釋放或者變更強制措施。涉案民營企業負責人沒有犯罪事實，或者具有其他法律規定的免予追究刑事責任情形的，應當作出不起訴決定。經審查認定案件構成犯罪，但犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，可以作出不起訴決定。涉案民營企業負責人自願如實供述涉嫌犯罪的事實，有重大立功或者案件涉及國家重大利益的，可以報請最高人民檢察院核准，作出不起訴決定。
《意見》還要求嚴格規範涉案財產處置，依法維護涉案民營企業和人員的合法財產權益。規定：對不涉案的款物、賬戶、企業生產經營資料等，一律不得查封、扣押、凍結。需要查封、扣押、凍結財產的，應當做到嚴格區分違法所得、其他涉案財產與合法財產，嚴格區分民營企業法人財產與個人財產，嚴格區分涉案民營企業負責人個人財產與家庭成員財產，不得超權限、超範圍、超數額、超時限查封、扣押、凍結，並注意保護民營企業利害關係人的合法權益。
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《意見》規定，對涉嫌犯罪的民營企業負責人，要嚴格審查是否符合法律規定的逮捕、起訴條件，嚴把事實關、證據關、程序關和法律適用關，防止「構罪即捕」「入罪即訴」。對有自首、立功表現，認罪態度好，沒有妨礙偵查行為的民營企業負責人，除法律另有規定外，一般不批准逮捕;對符合取保候審、監視居住條件，不羈押不致發生社會危險性的民營企業負責人，可以不批准逮捕。已經批准逮捕的，應當依法履行羈押必要性審查職責，對不需要繼續羈押的，應當及時建議公安機關予以釋放或者變更強制措施。涉案民營企業負責人沒有犯罪事實，或者具有其他法律規定的免予追究刑事責任情形的，應當作出不起訴決定。經審查認定案件構成犯罪，但犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，可以作出不起訴決定。涉案民營企業負責人自願如實供述涉嫌犯罪的事實，有重大立功或者案件涉及國家重大利益的，可以報請最高人民檢察院核准，作出不起訴決定。
《意見》還要求嚴格規範涉案財產處置，依法維護涉案民營企業和人員的合法財產權益。規定：對不涉案的款物、賬戶、企業生產經營資料等，一律不得查封、扣押、凍結。需要查封、扣押、凍結財產的，應當做到嚴格區分違法所得、其他涉案財產與合法財產，嚴格區分民營企業法人財產與個人財產，嚴格區分涉案民營企業負責人個人財產與家庭成員財產，不得超權限、超範圍、超數額、超時限查封、扣押、凍結，並注意保護民營企業利害關係人的合法權益。
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