農業農村部、國家發改委、財政部等六大部門12月24日聯合下發了《關於開展土地經營權入股發展農業產業化經營試點的指導意見》（下稱《指導意見》），《指導意見》為土地經營權入股，發展農業產業化提供了依據。
1、土地經營權入股可以入股到什麼類型的企業？
土地經營權既可以依法直接對農民專業合作社出資，也可以直接對公司進行出資，還可以先出資設立農民專業合作社再由農民專業合作社以土地經營權出資設立公司。
在《指導意見》出台之前，試點地區也提倡用土地經營權入股，但提到更多的是通過合作的形式入股。
土地經營權作為對農民專業合作社的出資在《農民專業合作社法》有直接的規定；但對公司的出資，《指導意見》跟之前的法律規定相比，有比較大的突破，根據《公司法》及相關法律法規的規定，作為對公司出資的土地只能是出讓的國有土地，劃撥的土地出資需要批准，農村土地出資按照現有的法律規定是不行的，《指導意見》的出台，進一步確認了農村土地可以作為公司的出資。
2、土地經營權入股要怎麼辦理流轉登記？
土地經營權入股主要是由村民委員會或集體經濟組織進行書面備案，對公司、農民專業合作社使用承包地進行監督。但涉及到公司和農民專業合作社的出資登記則由工商行政管理部門（機構改革後為市場監督管理局，以下簡稱登記機關）進行。即農民除需將土地的經營權交付給公司或農民專業合作社之外，還要在村民委員會或集體經濟組織備案，公司或農民專業合作社要在登記機關對土地經營權出資的出資形式進行登記。
3、土地經營權入股後能否再次流轉？
土地經營權入股之後就相當於是土地的經營權從承包人流轉到公司或農民專業合作社，按照《公司法》的規定，公司可以對公司的財產進行處置；依照《指導意見》規定，公司、農民專業合作社應對入股土地經營權正常合法行使，經農戶或其委託代理人書面同意並向村民委員會或集體經濟組織書面備案，可以依法依規對土地集中連片整理改造和對土地經營權進行再流轉和抵押。所以，用土地經營權投資入股的，可以進一步對土地經營權是否可以再次流轉進行約定，沒有約定的情況下，公司、農民專業合作社可以再次流轉。
4、土地經營權能否回購？
《農民專業合作社法》和《公司法》均沒有對此作出明確的規定，但是按照「法無禁止即可為」的原則，農民（承包人）在簽訂協議的時候就可以在協議或章程中約定，土地經營權可以回購，並可以進一步明確回購的條件及回購的價格等條款。關於土地經營權回購也是為了更好的保障農民（承包人）的相關權利，《指導意見》也提倡土地經營權可以回購。
5、土地經營權入股後關於土地的徵收補償該如何確定歸屬？
根據《土地管理法》第四十七條的規定，徵收耕地的補償費包括土地補償費、安置補助費以及地上附著物和青苗的補償費；根據《土地管理法實施條例》第二十六條的規定，土地補償費歸農村集體經濟組織所有；地上附著物及青苗補償費歸地上附著物及青苗的所有者所有；需要安置的人員由農村集體經濟組織安置的，安置補助費支付給農村集體經濟組織，由農村集體組織管理和使用；由其他單位安置的，安置補助費支付給安置單位；不需要統一安置的，安置補助費發放給被安置人員個人或者徵得被安置人員同意後用於支付被安置人員的保險費用。
但實踐中，由於土地資源的有限性，農民的土地被徵用後農村集體經濟組織一般無法及時調整其他土地給被征地農民，亦無法對需要安置的人員進行安置，因此會將土地補償費與安置補助費揉在一塊，農村集體經濟組織提取一部分後將剩餘部分給到農民。
所以，農民（承包人）在入股協議中約定，如果發生土地徵收、徵用的情況，土地補償歸農民（承包人），地上附著物及青苗補償費歸被投資企業。
6、分紅模式要如何約定？
按照《指導意見》的規定，土地經營權入股公司的，可以實行同股、同權、同責，按股份比例分享決策權、分取收益、承擔責任；經全體公司股東約定或公司章程規定，也可實行股、權、責差異化配置，所以可以讓農民在讓渡公司經營決策權的同時享有優先分紅的權利。《指導意見》也認為可以考慮讓農民先出租土地，在公司、農民專業合作社具有穩定良好的經濟效益之後再入股，即可以採用保底收益（固定分紅、租金）與按股分紅相結合的模式。按照《農民專業合作社法》，可以按照章程規定或者成員大會決議分享盈餘。所以，只要股東或成員一致同意，分紅模式可以在法律法規允許的範圍內自由約定。
1、土地經營權入股可以入股到什麼類型的企業？
土地經營權既可以依法直接對農民專業合作社出資，也可以直接對公司進行出資，還可以先出資設立農民專業合作社再由農民專業合作社以土地經營權出資設立公司。
在《指導意見》出台之前，試點地區也提倡用土地經營權入股，但提到更多的是通過合作的形式入股。
土地經營權作為對農民專業合作社的出資在《農民專業合作社法》有直接的規定；但對公司的出資，《指導意見》跟之前的法律規定相比，有比較大的突破，根據《公司法》及相關法律法規的規定，作為對公司出資的土地只能是出讓的國有土地，劃撥的土地出資需要批准，農村土地出資按照現有的法律規定是不行的，《指導意見》的出台，進一步確認了農村土地可以作為公司的出資。
2、土地經營權入股要怎麼辦理流轉登記？
土地經營權入股主要是由村民委員會或集體經濟組織進行書面備案，對公司、農民專業合作社使用承包地進行監督。但涉及到公司和農民專業合作社的出資登記則由工商行政管理部門（機構改革後為市場監督管理局，以下簡稱登記機關）進行。即農民除需將土地的經營權交付給公司或農民專業合作社之外，還要在村民委員會或集體經濟組織備案，公司或農民專業合作社要在登記機關對土地經營權出資的出資形式進行登記。
3、土地經營權入股後能否再次流轉？
土地經營權入股之後就相當於是土地的經營權從承包人流轉到公司或農民專業合作社，按照《公司法》的規定，公司可以對公司的財產進行處置；依照《指導意見》規定，公司、農民專業合作社應對入股土地經營權正常合法行使，經農戶或其委託代理人書面同意並向村民委員會或集體經濟組織書面備案，可以依法依規對土地集中連片整理改造和對土地經營權進行再流轉和抵押。所以，用土地經營權投資入股的，可以進一步對土地經營權是否可以再次流轉進行約定，沒有約定的情況下，公司、農民專業合作社可以再次流轉。
4、土地經營權能否回購？
《農民專業合作社法》和《公司法》均沒有對此作出明確的規定，但是按照「法無禁止即可為」的原則，農民（承包人）在簽訂協議的時候就可以在協議或章程中約定，土地經營權可以回購，並可以進一步明確回購的條件及回購的價格等條款。關於土地經營權回購也是為了更好的保障農民（承包人）的相關權利，《指導意見》也提倡土地經營權可以回購。
5、土地經營權入股後關於土地的徵收補償該如何確定歸屬？
根據《土地管理法》第四十七條的規定，徵收耕地的補償費包括土地補償費、安置補助費以及地上附著物和青苗的補償費；根據《土地管理法實施條例》第二十六條的規定，土地補償費歸農村集體經濟組織所有；地上附著物及青苗補償費歸地上附著物及青苗的所有者所有；需要安置的人員由農村集體經濟組織安置的，安置補助費支付給農村集體經濟組織，由農村集體組織管理和使用；由其他單位安置的，安置補助費支付給安置單位；不需要統一安置的，安置補助費發放給被安置人員個人或者徵得被安置人員同意後用於支付被安置人員的保險費用。
但實踐中，由於土地資源的有限性，農民的土地被徵用後農村集體經濟組織一般無法及時調整其他土地給被征地農民，亦無法對需要安置的人員進行安置，因此會將土地補償費與安置補助費揉在一塊，農村集體經濟組織提取一部分後將剩餘部分給到農民。
所以，農民（承包人）在入股協議中約定，如果發生土地徵收、徵用的情況，土地補償歸農民（承包人），地上附著物及青苗補償費歸被投資企業。
6、分紅模式要如何約定？
按照《指導意見》的規定，土地經營權入股公司的，可以實行同股、同權、同責，按股份比例分享決策權、分取收益、承擔責任；經全體公司股東約定或公司章程規定，也可實行股、權、責差異化配置，所以可以讓農民在讓渡公司經營決策權的同時享有優先分紅的權利。《指導意見》也認為可以考慮讓農民先出租土地，在公司、農民專業合作社具有穩定良好的經濟效益之後再入股，即可以採用保底收益（固定分紅、租金）與按股分紅相結合的模式。按照《農民專業合作社法》，可以按照章程規定或者成員大會決議分享盈餘。所以，只要股東或成員一致同意，分紅模式可以在法律法規允許的範圍內自由約定。