流注的病因主要是正氣不足和邪氣壅滯。
（1）正氣不足：人體正氣包括元氣、宗氣、營氣、衛氣等，尤其是衛氣具有抵禦外邪和驅邪外出的生理功能，如果衛氣虛弱，邪氣就會趁機侵犯人體。
（2）邪氣壅滯：邪氣有六淫邪氣（風、寒、暑、濕、燥、火）和疫癘邪氣，正氣不足時，邪氣侵犯人體導致疾病發生。
流注的病因即為正氣不足，邪氣壅滯體內，阻隔經絡，氣血凝滯，血敗成膿，發為流注。而。
暑濕流注因夏秋季節感受暑濕，客於營衛，阻於肌肉而成。餘毒流注因患療瘡、癤、癰失治誤治，或溫熱病失於診治，火熱之毒流注入於血分，稽留於肌肉之中而發。瘀血流注多因跌打損傷，瘀血停留，或產後惡露停滯，經絡為氣血壅滯而成。髂窩流注除由感受暑濕之邪外，還可由會陰、肛門、外陰、下肢皮膚破損或生瘡癤，邪毒流竄，阻滯經絡而成。
（1）正氣不足：人體正氣包括元氣、宗氣、營氣、衛氣等，尤其是衛氣具有抵禦外邪和驅邪外出的生理功能，如果衛氣虛弱，邪氣就會趁機侵犯人體。
（2）邪氣壅滯：邪氣有六淫邪氣（風、寒、暑、濕、燥、火）和疫癘邪氣，正氣不足時，邪氣侵犯人體導致疾病發生。
流注的病因即為正氣不足，邪氣壅滯體內，阻隔經絡，氣血凝滯，血敗成膿，發為流注。而。
暑濕流注因夏秋季節感受暑濕，客於營衛，阻於肌肉而成。餘毒流注因患療瘡、癤、癰失治誤治，或溫熱病失於診治，火熱之毒流注入於血分，稽留於肌肉之中而發。瘀血流注多因跌打損傷，瘀血停留，或產後惡露停滯，經絡為氣血壅滯而成。髂窩流注除由感受暑濕之邪外，還可由會陰、肛門、外陰、下肢皮膚破損或生瘡癤，邪毒流竄，阻滯經絡而成。