由於跨國公司具有強大的經濟實力，且根據其全球戰略在世界範圍內追求高額利潤，這就會在跨國公司與東道國間、跨國公司與母國間、東道國與母國間產生種種矛盾和衝突，其中，以跨國公司與東道國的衝突最為引人注目。1.跨國公司對東道國國家主權的挑戰。a.跨國公司利用各種手段無視東道國的法律，逃避東道國法律管制。b.破壞東道國國家國民發展計劃，逐漸控制東道國經濟命脈。c.壟斷東道國市場，掠奪性地開採使用東道國的自然資源。2.採用轉移定價、不合理分攤成本和費用等手段來逃避東道國稅收或外匯管制。轉移定價是指跨國公司的跨國聯屬企業彼此在進行交易時不按照一般市場價格標準，而是根據逃避有關國家或地區稅收的目的需要，人為地提高或降低關聯企業的交易價格，使利潤從稅負較高的國家轉移到稅負較低的國家，從而達到整個公司群體減少納稅目的的一種跨國或跨地區避稅行為。這也是我國外商投資企業經常採用的一種避稅行為，是我國外商投資企業虛虧實盈的最重要原因之一。不合理分攤成本和費用是指跨國公司內部母公司通過不合理分攤成本和費用的方式，人為增加某一個或者某幾個子公司的成本費用，從而減少該子公司贏利的數額，來達到逃避該子公司所在國稅收的目的。3.與東道國的發展目標和計劃相衝突。跨國公司及其分支機構特別是跨國獨立子公司，在安排其境外的生產經營時往往根據被投資國家的投資環境及母公司的全球戰略來安排公司的投資、經營，可能引發東道國經濟發展不平衡。如區域經濟發展不平衡、產業經濟發展不平衡、個人經濟報酬不平衡。4.在技術轉讓方面，跨國公司為了壟斷技術，往往採取各種限制性條款，阻礙技術交流和東道國技術的發展，抬高技術轉讓費用，謀取暴利。5.在僱傭與勞動問題上，一方面不願意僱傭東道國的技術和管理人員，另一方面不重視勞動安全保護問題，不執行東道國社會保障法律制度。6.在資金流動和東道國國際收支問題上，跨國公司為逃避匯兌風險或進行貨幣投機等目的，大量轉移資金，往往會給東道國的國際收支造成負面影響。7.在環境保護上與東道國產生矛盾，開設嚴重污染企業給東道國帶來損害。8.在思想文化上，也可能帶來各種腐朽的思想文化腐蝕東道國的人民，特別是青少年一代，進而危害東道國國家利益。如「拜金主義」、「性解放」等腐朽思想觀念。9.在消費者保護問題上，跨國公司可能不注意產品對消費者健康的損害和安全問題，從而對消費者造成損害。
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